-олигонуклеотид (p30) без дополнительной обработки.
В работе [78] приведен синтез биотинилированного фосфита
(p49) (рис. 4.9). Реакция (t22) 2,2-диметил-1,3-диоксолан
4-метанола (p37) с акрилнитрилом (p39) легко протекает в присутствии гидрида натрия (p38), при этом образуется нитрил
(p40). Восстановление (t23) нитрила (p40) до амина (p43)
проводили боргидратом натрия (p41) в присутствии хлорида кобальта (II) (p42). Реакция (t24) амина (p43) с
N-оксисукцинимидным эфиром биотина (p28) дает (p44). Биотиновое производное (p44) было обработано смесью соляной кислоты и тетрагидрофурана (p46) и далее, без выделения, продукт реагировал (t25) с 4,4-диметокситритилхлоридом (p45), давая 1-О(4,4-диметокситритил)-3-О-(N-биотинил-3-аминопропил)глицерин
(p47). Фосфитилирование (t26) соединения (p47) проводили, используя эквимолярную пропорцию 2-цианоэтил-N,
N-диизопропиламинохлорфосфита (p18) в присутствии
N,N-диизопропилэтиламина (p48). При связывании олигонуклеотида
(р13) с фосфитом (р47) образуется биотинилированный олигонуклеотид (р30).
Другой биотинилированный фосфит (p59) предложен авторами
[77] (рис. 4.10). Сначала из биотина (р25) и метанола (р51) в присутствии тионилхлорида (р50) получали биотин-метиловый эфир
(p52), который после обработки (t29) диметокситритилхлоридом
(p45) взаимодействовал (t30) с алюмогидридом лития (p54), давая
1-N-(4,4-диметокситритил)- биотинол (p55). Биотинол (p55)
фосфитилировали (t32) метоксиморфолинохлорфосфитом (p59), полученным (t31) из морфолина (p58) и метоксидихлорфосфита
(p57).
В [5] вводили также остаток биотина в 5'-концевой остаток олигонуклеотида, используя известную реакцию окисления рибозного остатка РНК (рис. 4.11). С этой целью 2,3-защищенный уридин-5-фосфит (p63) присоединяли (t39) к 5'-ОН-группе олигонуклеотида (p13). Полученный олигонуклеотид деблокировали с образованием производного (p64), которое окисляли (t38) далее периодатом натрия (p65) по рибозному остатку до олигомера (p66).
При обработке последнего (t33) биотингидразидом (p67) и затем боргидратом натрия (p41) синтезирован Bio-олигонуклеотид (p30).
Защищенный фосфит (р62) получали (t36) из
2',3'-ди-О-пиксилуридина (р60) и метокси-бис(N,N-диизопропиламино)фосфита (р31). Дипиксилуридин (р60) образуется при взаимодействии (t34) 5-Оацетилуридина (р67) и
9-фенил-9-хлор-ксантена (р68), а фосфит (р61) - при взаимодействии (t35) диизопропиламина (р15) и метоксидихлорфосфита (р57).
4.4.2. Использование сокращенного графа достижимости для разработки синтеза.
По обобщенной сети Петри (рис. 4.12) и множеству начальных маркировок, состоящему из восьми элементов, был построен сокращенный граф достижимости, содержащий 42 вершины (фрагмент сети представлен на рис. 4.13). Начальная маркировка для общей сети Петри представляет собой имеющиеся в наличии химические реагенты. Предположим требуется получить аминоалкилолигонуклеотид (p29) по имеющимся реагентам
(диизопропиламин (p15), 2-цианоэтилдихлорфосфит (p16), аминобутанол (p31), а также веществам, необходимым для синтеза олигонуклеотида на полимерном носителе (p1, p2, p4, p5, p9, p10,
p11, p12). Эти данные являются входными для работы интеллектуального проектировщика: Mo={p1, p2, p4, p5, 2p9, p10,
p11, p12, p15, p16, p31}; Mt={p29}. В сокращенном графе достижимости было найдено две вершины с маркировками и и такие, что
, ; и три вершины с маркировками
При этом существует путь из вершины в и из и в .
С использованием метода "обратной волны" получены:
Уважаемый посетитель!
Чтобы распечатать файл, скачайте его (в формате Word).
Ссылка на скачивание - внизу страницы.