С увеличенными особенностями доступен для общих исследователей. Proteome ученые верят связанный из его баз данных, поможет в назначении функции к большому количеству неизвестных генов.
Молекулярные Моделирования, Сан-Диего, предлагают программы типа Более образцового, модуль Понимания компании II молекулярных наборов моделирования. Более образцовый строит структурные модели для белков, которые знали последовательности, но для которого трехмерные структурные данные являются недоступными. Молекулярные Моделирования имеют базу данных в вычислительном отношении полученных структур белка по имени AtlasBase, который произведен, используя bioinformatics программу GeneAtlas.
Структурный bioinformatics, Сан-Диего, также имеет большую базу данных в вычислительном отношении полученных структур белка, которые это использует, чтобы проектировать потенциальную маленькую молекулу inhibitors взаимодействий белка-белка. Компания использует bioinformatics инструменты, чтобы предсказать формы препарата(наркотика) от информации поверхности белка. Заканчивающийся pharmacophores (наборы структурных особенностей, ответственных за биологическую деятельность) преобразован(конвертирован) к трехмерным вопросам базы данных, чтобы выбрать маленькие молекулы от действительных(виртуальных) библиотек. Структурный bioinformatics Председатель, CEO, и Президент, которого Эдвард Т. Маггио сообщает C*EN, что технология разрешает активным молекулам быть идентифицированной от баз данных с нормами(разрядами) хита(удара) приблизительно 10 %, принимая во внимание, что нормы(разряды) хита(удара) только приблизительно 0.01 %, получен с обычными технологиями экранирования высокой производительности.
Много других proteomics связанных технологий открытия имеют главные bioinformatics компоненты. Один из них - CytoWbrks, развитый Автоматизированной Ячейкой, Pittsburgh. CytoWbrks - система чтобы изучить влияние bioactive белков и изменений(замен) окружающей среды на клеточных процессах. Проживание ячейки отображено, используя видимый или микроскопия флюоресценции после того, как они обращает(обращенный) с агентом белка или подвергнуты к различным влияниям окружающей среды. Заканчивающиеся данные тогда проанализированы с bioinformatics программным обеспечением.
" CytoWorks - платформа, которая является полезной в учащихся эффектах белка в ряде различного биологического endpoints в клеточной жизни, " сказал Автоматизированный ученый Крис Ф Ячейки. Sachsenmeier. ', чтобы помещать, это в контексте, если Вы остановились на вашей последовательности согласия или вашем целевом белке и Вы построило ваш препарат(наркотик), или Вы - экранирование библиотека, Вы могли бы хотеть проверить это
_ [биологические] эффекты белка, фактически выставляя(подвергая) это, чтобы жить, целые ячейки. Это - то, где мы приспособили бы в. "
Данные от экспериментов CytoWorks проанализированы, используя CytoWare, составляющая собственность bioinformatics система программного обеспечения компании. " Часть нашей стратегии должна создать базу данных знания от, это приобретало и архивировало информацию, которая может использоваться для образцового предсказания и испытания, " Sachsenmeier сказал.
Запрещение взаимодействий белка-белка
Множество исследователей на Проteomics конференции описало усилия их групп, чтобы идентифицировать inhibitors белка-белка, взаимодействия и как основные инструменты исследования и для потенциальных диагностических и терапевтических заявлений (применений).
Вице-президент Роджер Брент и сотрудники в Молекулярном Институте Наук, Беркли, Калифорнии, использовали aptamers (агенты близости белка) чтобы исследовать сеть белков, та помощь управляет mitosis. В изучении, они произвели комбинаторную библиотеку короткого peptide aptamers разработанный(предназначенный), чтобы подражать антителу обязательные участки. Они идентифицировали множество aptamers, это ограничило в высоко определенной манере с cyclin - зависимый kinase 2 (Cdk2) цель. Эти aptamers запрещает Cdk2 - Катализировал phosphorylation, наиболее вероятно, обязывая с ферментом таким способом, что его взаимодействия с substrate блокированы. Исследователи полагают, что такой aptamers может быть полезен для
Изучение взаимодействий белка, для использования как ощущение реактивов, и как лидерство для запрещающего развития препарата(наркотика)
Декан Р Артис Ученого описал, как он и его коллеги в genen - Технический колледж разработал циклический octapeptides, которые подражают обязательному участку, на котором связанный с воспламенением белок VCAM (сосудистая молекула прилипания ячейки) взаимодействует с ее lymphocyte li-gand, integrin VLA-4 (очень поздно antigen-4) [Biopolymers, 47, 265 (1998)]. Используя эти peptides, исследователи были способны идентифицировать мутанты VCAM с улучшенным закреплением.
Genentech исследователи также недавно демонстрировал, что peptide, отобранный из библиотеки показа phage сталкивается с другим важным взаимодействием белка-белка - тот, в котором proenzyme фактор X обработан комплексом фактора ткани и фактора VtIA, причиняя кровь к комку [Характер(природа), 404, 465 (2000)]. peptide может таким образом быть a
Ведущий состав для нового антикоагулянта
Наркотики(лекарства).
Новый способ обнаруживать наркотики(лекарства)
Действительно, в фундаментальном смысле, ", на что мы смотрим " в области(поле) proteomics " являемся новым систематическим способом обнаружить наркотики(лекарства), " Allemand Хибригеникса сказал на конференции.
Некоторые говорят, что есть уже слишком много потенциальных целей препарата(наркотика), доступных и что proteomics усилия, чтобы выделить больше являются лишними. Но Брент, Молекулярного Института Наук, не соглашается с тем понятием. " Ответ - то, что нет слишком многих целей, " он сказал. " Только нет достаточно хороших целей. "
proteomics выполнил что - нибудь верно полезный? Например, являются ли любые proteomics на основе наркотики(лекарства) на рынке все же? Ответы " не действительно " и "Нет".
Однако, область(поле) " является только пятью годами возраста, и это удалилось чрезвычайно недавно, " сказал Ветцтеин Бесчисленной Генетики, отвечая на те вопросы на конференции. " Так спросите меня снова через еще пять лет. " К тому времени, Wettstein и многим другие надеются, что proteomics, оказывается, имеет больше чем оправданный значительные усилия, которые посвящаются этому.
Уважаемый посетитель!
Чтобы распечатать файл, скачайте его (в формате Word).
Ссылка на скачивание - внизу страницы.