Ученый Информатики Уоррен Л. Де--Lano и Президент и Главный Научный Чиновник(офицер) Джеймс А. Веллс Sunesis Phar-maceuticals, Города Красного дерева, Калифорнии, в сотрудничестве с исследователями в genen - Технический колледж, Юг Сан-Франциско, недавно изучили участок на постоянной области(регионе) антител, который связывает с четырьмя естественными белками, чтобы видеть то, какие свойства заставили этому быть настолько активными [Наука, 287,1279 (2000)]. Эксперименты выбора Близости показывали, что peptides, белки, и маленькие молекулы могут, фактически, вся доля этот тип общего(обычного) обязательного участка на поверхностях белка.
Исследователи нашли, что этот класс разнородных участков неполярен, высоко доступен для потенциала, обязывающего партнеров, структурно адаптивных, и относительно hydrophobic в характере(знаке). DeLano отметил, что изучение обеспечивает " карта, Вы могли использовать или для проекта на основе структуры или комбинаторного проекта библиотеки. Мы надеемся, что успех в проекте антагонистов белка-белка маленькой молекулы собирается проникать через идентификацию таких участков и развития химических групп и химических технологий, которые позволят нам определенно цели эти участки. "
2-ой анализ геля
В течение прошлых двух десятилетий или так, 2-ой гель electrophoresis был преобладающая техника чтобы анализировать элементы(избирателей) белка целых ячеек и ячейки или-ganelles. В этой технике,
Белки отделены в одном измерении на основе нагрузки(обвинения) и во втором измерении, основанном на молекулярном размере. Индивидуальные белки на геле могут тогда быть изолированы и характеризован.
К сожалению, гели печально известно трудны анализировать. Решающая власть(мощь) 2-ого геля electrophoresis часто недостаточна, чтобы отделить все различные белки в образце. Кроме того, воспроизводимость техники бедна, делая это трудная обнаружить различия в выражении белка, отраженном в двух различных гелях. Испытывая недостаток bioinformatics инструменты, лучшее, которое исследователь может вообще делать, должно разместить гели рядом и пытаться совпадать соответствующие пятна(места) белка визуально-a трудолюбивый, подверженный ошибкам процесс.
Однако, множество компаний представило программное обеспечение, которое очень облегчает 2-ой анализ геля. Эти программы включают Мелани (Женева bioinformatics, Женева, Швейцария, и BioRad Лаборатории, Геркулес, Калифорния); PDQuest (BioRad); ImageMaster (Amersham Phar-macia Biotech AB, Упсала, Швеция);
Phoretix 2-ой (Phoretix Международный, Ньюкасл-эпон-Тайн, Англия); Gellab (Scanalytics, Фаирфакс, Va.); и Kepler (Крупный масштаб proteomics, Rockville, Md.). Такие программы вообще автоматизируют выравнивание пятен(мест) на одном геле с передачей пятен(мест) на другом, облегчение electrophoretic анализ.
На встречу Сан-Франциско, Зива Смиланского, вице-президент proteo-mics в Compugen, Тель-Авиве, Израиль, описал новую программу этого типа, называемого Z3. " В Z3, некоторые идеи от современной обработки изображения (образа) перемещения были
Введенный, чтобы помогать решить проблему автоматизированной регистрации 2-ых изображений(образов) геля, " Смиланский сообщает C*EN. ' Сегодня, система находится в beta, проверяющем в приблизительно 30 лабораториях во всем мире. В некоторых из них, преимущества были существенны, и производительность имеет в некоторых случаях(делах), улучшился с 10 сгибами или больше. " Программа намечена для полного коммерческого выпуска позже в этом году.
И Андреас Хон, делового развития и единицы маркетинга Данных гена A.G., Базель, Швейцария, описал 2-ую программу анализа геля по имени GD Impressionist, который импортирует данные от других программ геля, типа Kepler, Мелани, и Phoretix 2-ой. Это оценивает качество пятна(места), соответствующего достигнутому в соответствии с этими другими программами анализа изображения(образа) и использует статистические алгоритмы и графические инструменты, чтобы вычислять и визуализировать образцы в данных, цель быть обеспечивать более значащую информацию выражения белка к experimentalist
Копировальное выражение Белка
Одно из главных заявлений(применений) 2-ого анализа геля - копировальное выражение белка, изучение выраженных белков в различных типах ячейки. Исследователи часто сравнивают выражение белка в diseased против нормальных ячеек, чтобы идентифицировать потенциальные связанные с болезнью белки.
Помощник профессора человеческой генетики Yingming Zhao и коллег в Mt. Синайская Школа Медицины(лекарства), нью-йоркский Город - в сотрудничестве с Национальным Продовольствием института Рака и Тканью Администрации Препарата(наркотика) proteomics Инициатива во главе с FDA микробиологом Емануел Ф. Петрикоин III и NCI Лабораторный Руководитель Ланс А. liotta - использует выражение, копировальное, чтобы изучить механизмы простаты, esophageal, груди, двоеточия, легкого, и ovarian роста опухоли. Исследователи используют микроразбор лазерного захвата, чтобы получить ячейки рака и нормальные ячейки от образцов ткани, 2-ой гель electrophoresis, чтобы отделить все компоненты белка тех ячеек, и капилляра быстродействующая жидкость chromatography/electrospray ГОСПОЖА иона-западни, чтобы идентифицировать белки, чей уровни выражения отличаются по двум типам ячеек. Белки, выраженные на более высоких уровнях в ячейках рака - потенциально определенная болезнь.
Сравнения выражения белка имели обыкновение требовать side-by-slde визуального анализа различий В образцах пятна(места) на гелях-a белка трудолюбивый процесс. Компьютерные программы могут теперь делать это более легко. Отличительное выражение белка В двух бактериальных гелях, которые вырастают при различных условиях(состояниях) (вершина) Показывается В произведенном программным обеспечением анализе (основание) где пятна(места) overexpressed или выражено только при стандартных условиях(состояниях), кажутся зеленым, определяет underexpressed, или выраженный только при условиях(состояниях) голодания фосфата появляются, magenta, пятна(места), представляющие белки, выраженные в подобных количествах кажется серым, и пятна(места) для белков, выраженных В несходных количествах имеют черные центры. Анализ, показанный здесь был выполнен с Z3 программным обеспечением Компугена.
Согласно Zhao, определенные раком белки, так идентифицированные " обеспечивают ключи на понимании молекулярного основания прогрессии рака, могут служить как цели для терапевтического вмешательства, и неоценимы для развития новых методов для раннего диагноза и обнаружения болезней. "
Уважаемый посетитель!
Чтобы распечатать файл, скачайте его (в формате Word).
Ссылка на скачивание - внизу страницы.